HTML dokümanlarının içine komut dizileri de eklenebilir. Bu komut dizileri doğrudan HTML dokümanına yazılabileceği gibi dışarıdaki bir dosyada tutulup HTML dokümanı tarafından da çağrılabilir.
Eğer komut dizisi doğrudan sayfanın içine eklenecekse <script> etiketleri arasına yazılır. type niteliği ile etiketlerin arasındaki kodun hangi dilde yazılacağı belirtilir. Fakat bu nitelik JavaScript ile kod yazılacağı zaman gereksizdir. Çünkü HTM5 ile birlikte varsayılan değer "text/javascript" olmuştur.
Dışarıdaki bir dosyada tutulan JavaScript kodu <script> elemanıyla çağrılacağı zaman <script> etiketlerinin arası boş olmalıdır. src niteliği ile kullanılacak JavaScript dosyasının adresi belirtilir. Örnekteki dosya indirilerek <script> elemanının çalışma şekli görülebilir. Dosyanın içinde bir HTML dosyası ve bir JavaScript dosyası bulunmaktadır. HTML dosyasının içindeki kod şu şekildedir:
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<title>Script Örneği</title>
</head>
<body>
<script>
document.write("Bu yazı HTML içine yazılan bir JavaScript koduyla yazdırılmıştır.");
</script>
<br>
<script src="javascript.js"></script>
</body>
</html>
Yukarıda verilen kod hem HTML kodlarının arasına JavaScript eklemeyi heme de dışarıdan bir JavaScript dosyası çağırmayı göstermektedir.
Dışarıdan bir dosya çağrılması durumunda kullanılabilecek başka nitelikler de vardır. Bunlardan birisi async niteliğidir. Bu nitelik herhangi bir değer girilmeden kullanılır ve çağrılan dosyanın asenkronize çalıştırılacağını belirtir. Yani sayfa çözümlenirken aynı zamanda dosya da çalıştırılır.
Kullanılabilecek bir başka nitelik defer niteliğidir. Bu nitelik de herhangi bir değer olmadan kullanılır ve çağrılan dosyanın sayfanın çözümlenmesi bittikten sonra çalıştırılacağını belirtir.
Verilen son iki niteliğin ikisinin de kullanılmaması durumunda kodun çağrıldığı satırla karşılaşıldığında çağrılan dosya çalıştırılır ve sayfanın çözümlenmesine ondan sonra devam edilir.
<script> elemanıyla kullanılabilecek son nitelik charset niteliğidir. Bu nitelik charset="karakter_kodlama" şeklinde kullanılır ve çağrılan dosyanın hangi karakter kodlama standardıyla kodlandığını belirtir.
Yazılan komut dizilerinin çalıştırılamadığı durumlar için alternatif bir versiyon sağlamak için <noscript> etiketleri kullanılır. <noscript> etiketlerinin arasına <body> etiketleri arasına yazılabilen her şey yazılabilir. Yukarıdaki koda alternatif bir versiyon şu şekilde eklenebilir:
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<title>Script Örneği</title>
</head>
<body>
<script>
document.write("Bu yazı HTML içine yazılan bir JavaScript koduyla yazdırılmıştır.");
</script>
<br>
<script src="javascript.js"></script>
<noscript>
Tarayıcınız JavaScript'i desteklememektedir.
</noscript>
</body>
</html>